В научно-исследовательскую лабораторию «Центр агробиотехнологии» факультета «Агропромышленный» был приобретен секвенатор «Нанофор СПС». С ним будут работать молекулярные биологи и специалисты по биоинформатике.
Секвенатор закуплен по Программе создания и развития инжинирингового центра по приоритетным направлениям научно-технологического развития «Донской инжиниринговый центр». «Нанофор СПС» – это первый российский прибор для массового параллельного секвенирования (NGS). Этот метод определяет нуклеотидную последовательность ДНК или РНК. Прибор разработали Институт аналитического приборостроения РАН и научно-производственная компания «Синтол».
В исследованиях молекулярной аквакультуры секвенатор станет основным инструментом команды Дмитрия Рудого. Обычно комбикорм оценивают по результату: рыба быстрее растет, молодь лучше выживает, заболевание не развивается. Для хозяйства это ключевые показатели, но они показывают уже финал процесса. Гораздо сложнее понять, почему новый комбикорм сработал или почему ожидаемого эффекта не было.
В нашем проекте секвенатор – это центральный прибор. С его помощью мы решаем две основные задачи. Первая: определяем, какие микроорганизмы живут в кишечнике объектов аквакультуры. При этом мы оцениваем, насколько различные пробиотики и корма позволяют поддерживать здоровую и функциональную микробиоту, которая, в свою очередь, поддерживает здоровье и продуктивность объектов аквакультуры. Вторая задача – мы смотрим, как меняется работа генов самой рыбы, когда мы вводим в корм пробиотики. Секвенатор позволяет увидеть, какие физиологические процессы при этом задействуются: отвечающие за иммунитет, устойчивость к стрессу, рост. По сути, мы наблюдаем, как именно пробиотик действует на организм, а не просто фиксируем, что рыба стала крупнее.
Такой анализ меняет работу с комбикормами. Ученые видят состав микробного сообщества, оценивают реакцию организма на пробиотики и точнее понимают, какие решения подходят для конкретного вида, возраста и состояния рыбы. При таком подходе комбикорм становится инструментом управления здоровья, а не только источником питания.
Рыбоводные предприятия получают более точную диагностику. Она помогает подбирать комбикорма и пробиотики не по внешним признакам, а с учетом процессов внутри организма рыбы и условий конкретного хозяйства.
Для нас, практиков, появление в регионе секвенатора «Нанофор СПС» – важное событие. Мы каждый день решаем задачи: какие комбикорма действительно работают, как снизить гибель молоди, как обеспечить высокую продуктивность и устойчивость к болезням. Молекулярные методы меняют сам подход – теперь комбикорма и пробиотики можно подбирать не вслепую, а под конкретные условия наших хозяйств. Особенно важно, что прибор отечественный: это независимость от импортного оборудования. Для донского региона с его традициями осетроводства – это шаг к тому, чтобы оставаться центром современной аквакультуры. А результаты ученых заложены в основу комбикормов, которые мы применяем на производстве.
Обновление лабораторной базы в ДГТУ связано с развитием молекулярной аквакультуры. Университет сможет сопоставлять данные о микробиоте, реакцию организма рыбы на пробиотики и задачи рыбоводных предприятий региона.
